截至2018年末，蒙城县有各类卫生机构数404个（含村室），其中医院、卫生院41个；卫生机构床位数4953张，其中医院、卫生院4753张；卫生机构人员数6970人，其中卫生技术人员数5357人；医院、卫生院4330人；执业（助理）医师1755人，注册护师、护士2575人，卫生防疫人员数1123人，5岁以下儿童死亡率3.58‰，婴儿死亡率2.45‰，产妇住院分娩比例99.95%。

　　2015年，蒙城县共有116.9万人参加农村合作医疗，新型农村合作医疗参合率105.48%，基金补偿4.77亿元；新农合大病保险补偿1458.96万元；婚姻登记和婚前医学检查实行“一站式”服务模式，农村孕产妇住院分娩补助全部落实到位；重大传染病医疗救治结核病100人、艾滋病84人，经费使用率100%；拨付3家县级公立医院药品零差率补助资金1100万元；落实各项计划生育奖励资金2210万元，受益计生家庭达19.68万人次。

　　2019年8月，入选为紧密型县域医共体建设试点县。